Migren tedavisinde ilaç kullanımı iki amaca yöneliktir. Bunlardan birincisi atakları önlemek ya da en azından atak sıklığını azaltmak, ikincisi ise başlayan ağrıyı ortadan kaldırmak ya da ağrının şiddetini hafifletmektir.

Ağrıyı kesmek için kullanılan ilaçlar ağrı başlar başlamaz alınmalıdır, hatta eğer aura dönemi mevcutsa bu dönemde daha ağrı başlamadan ilacın alınması çok daha etkili olacaktır. Bu ilaçlar ağızdan alınan tabletler olabileceği gibi fitil formunda ilaçlar, kalçadan veya cilt altından yapılan iğneler ve solunum yoluyla alınan sprey şeklinde ilaçlar da olabilir. Ağrıyı kesmek için kullanılan ilaçlar; basit ağrı kesicilerden daha güçlü yangı giderici etkisi de olan ağrı ilaçlarına veya birkaç ilacın birleşmesinden oluşturulmuş tarif üzerine hazırlanan ilaçlara kadar değişir. Migren ağrısı için genişlemiş kan damarlarını daraltıcı ilaçlar da reçete edilebilir. Kriz sırasında ayrıca bulantı ve kusmayı giderici ilaçlar da kullanılır.

İlaç kullanımında dikkat edilmesi gereken önemli bir nokta ilaçların mutlaka hekim tavsiyesiyle kullanılması, doktorun belirttiği dozun üstüne çıkılmaması ve hekime danışmadan ilaçların değiştirilmemesidir. Doktor tarafından önerilen dozun alınmasına rağmen ağrı yeterince hafiflemiyorsa, kontrolsüz bir şekilde doz artırmak yerine yeniden doktora danışmak uygun olacaktır. Çünkü ağrı kesici ilaçların belli bir dozun üzerinde ağrıyı dindirici etkileri artmaz, ancak yan etkilerinin ortaya çıkma ihtimali ve şiddeti artar.
Eğer baş ağrısı çok sık oluyorsa atakları önlemek için çeşitli ilaçlar kullanılabilir. Bu ilaçların istenmeyen yan etkileri olabilir ve her hastada işe yaramayabilirler.